Univerzitné a akademické tradície siahajú v Krakove až do štrnásteho storočia. Už v roku 1364 založil kráľ Kazimierz Veľký "Krakovskú Akadémiu", ktorá sa po svojom obnovení v roku 1400 stala prameňom intelektuálnej moci mesta. Univerzita patrí k najstarším v strednej Európe, jedinou, len o málo staršou, je Karlova Univerzita v Prahe.
Spomedzi absolventov Univerzity v Krakove môžeme spomenúť Mikuláša Koperníka, astronóma a autora heliocentrickej teórie, Karola Wojtylu, ktorý sa stal pápežom a prijal meno Ján Pavol II. Od 19. storočia je Univerzita známa ako Jagelovská a v súčasnosti má najdôležitejšie miesto medzi početnými krakovskými školami. Školy a univerzity Krakova, ktoré si zasluhujú na to, aby sa o nich hovorilo, sú Akadémia banícko-hutnícka, Krakovská Polytechnika, Ekonomická akadémia, Akadémia výtvarných umení - prvá umelecká akadémia v Poľsku.
Najstaršou výskumno-náukovou inštitúciou je Poľská akadémia vzdelávania, ktorá nadväzuje na Krakovské spoločenstvo vzdelávania, založené v roku 1815.